安全性是制冷系統不容絲毫忽視的一項重要指標。通常人們都把注意力集中在制冷劑的安全性方面，如氨具有毒性、易燃性和爆炸性，要根據使用場合慎重選擇設計。我國明確規定在人口稠密的場合和船舶上，不能使用會燃燒爆炸的有毒制冷劑。值得注意的是，盡管制冷裝置中的設備大多處于中壓和低壓，，但作為壓力容器同樣具有爆炸等危險。